想到珊瑚礁很多人都會聯想到蔚藍的天空和海水，事實上，這是珊瑚礁能存在與否的其中兩個重要因素。 造礁珊瑚需要共生藻提供的能量，因此水下光線充裕與否是個重要的因素。 

    而深度首先就是個重要的光線限制因子，譬如很少有礁體能在五十公尺以下形成的，因此大部份珊瑚礁都在近岸或沿岸的淺水域形成。另一方面水的混濁度決定了光線能穿透的深度，因此，在河口如中國大陸沿海，臺灣海峽等大陸塊沿岸，因河川帶來的懸浮物過多，光線被阻隔，珊瑚礁很少有形成的機會，反之在小島四周，例如蘭嶼、綠島、東沙等因為沒有河川沖積下來的泥砂，常常有發育良好的珊瑚礁。懸浮物除了遮敝光線，一旦沈積在珊瑚上，也會直接造成其死亡。

    因此，河川上游水土保持的成效，會直接影響沿海的珊瑚礁生態系。自然界環環相扣，在此得到一個例證。同樣地，海邊工程若不注意泥砂的管制，是直接造成附近珊瑚礁浩劫的機制。擋土墻、流砂溝等，都是工程界應用來防止破壞環境的措施。 蔚藍的海水還有另一層生態上的意義，那就是表示水中營養鹽，如氮、磷等很少。

    原來水底有很多海藻會跟珊瑚競爭附著的空間和光線，一旦水中營養鹽濃度高，藻類繁生速迅，很快地就把生長緩慢的珊瑚給遮蔽，進而造成珊瑚的死亡。海水中營養鹽過多，也會造成海水偏綠，降低光線的穿透，阻礙珊瑚細胞內共生藻光合作用的進行，所以珊瑚礁似乎是自然界中少數會受營養鹽破壞的生態系之一。

    在恒春半島的南灣海域，原本沒有河川注入，住民也很少，因此水質清澈。自從游客增加，當地產生的廚余、污水大量增加，遲到都會流到海灣內，這些有機廢物，經分解成無機鹽后，都成了海藻*好的營養鹽。因此目前在南灣有些地區已經有海藻為患的問題。同樣的問題也發生在很多以珊瑚礁吸引游客的觀光島。

    亦即由美麗珊瑚礁景觀→吸引游客→建觀光旅館→吸引更多游客→海水優養化→海藻取得優勢，珊瑚礁衰敗，形成一個快速的生態環境演替。而其結果就是脆弱珊瑚礁生態系在短時間內的破壞。為了防止這種演替的現象，有些觀光島嶼已經成功地以回收廢水，避免排放到海灣中，來有效地保護珊瑚礁，這種方法也值得我們運用在墾丁國家公園內的珊瑚礁生態系上。 

    浮潛在南灣的海面上，向水面下可以輕易地看到上百種各式各樣的珊瑚，海綿、海鞘、魚、貝、蝦、蟹...等等生物，每種生物展現各自的形狀、顏色、行為，若仔細觀察會發現有更多躲藏，隱蔽起來的種類，就算在熱帶雨林也很難發現如此的景觀。相對地，倘若浮潛在沒有珊瑚礁的西子灣海面上，如果有幸看到海底，除了砂子以外，幾乎是看不到什么生物的。